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卵巢巧克力囊肿是一种与子宫内膜异位症相关的妇科疾病，是指子宫内膜组织在子宫以外的位置生长的一种情况。是否可以怀孕，主要取决于瘤体的大小和治疗情况。

1、可以：如果巧克力囊肿较小，通常直径小于3cm，且没有明显症状，经过适当的治疗，消除囊肿，并恢复了卵巢和子宫的正常功能，那么患者有较高的怀孕机会。

2、不可以：如果巧克力囊肿较大，直径超过3厘米，可能会对卵巢功能和排卵产生影响。另外，如果手术治疗效果不佳，囊肿持续增大或复发，可能会继续对卵巢和子宫的正常功能产生不利影响，导致卵巢功能受损，从而影响怀孕的机会。

建议及时就医，通过系统检查，明确疾病情况，积极配合医生进行治疗，提高怀孕机率。